Версия 1.2.252 Proxychecker С опцией "Replace" и с установленым "Save alive proxies to file" в положение "Yes/Yes with type" значение Last load count увеличивается, хотя должно быть одним и тем же при одинаковом количестве загружаемых разных прокси И total alive тоже увеличивается.
Т.к. у вас включено "Save alive proxies to file", то живые прокси сохраняются в файл, и при каждой загрузке прокси подгружаются из указанных источников и из файла с живыми (alive.txt), поэтому их больше.