Модуль собиратора ссылок считает тип ссылок mailto: относительным и дописывает к ним домен http://screenshot.su/show.php?img=2b796f6195caf0b19eb14956ca7cc93f.jpg надо либо их игнорить потому что это вроде как и не ссылки либо не дописывать домен еще бывают ссылки href="javascript:..." вроде но не часто
Кроме того на одной из страниц сайта был редирект на другой сайт, linkextractor черпнул ссылки с внешнего ресурса на который был редирект и подставил домен исследуемого сайта в итоге сгенерилось много 404-ых http://screenshot.su/show.php?img=99dbb291a71bf8f2a910d8c1b1c41505.jpg